計算ノードではなく手元マシンに、MDにおける入力ファイルや出力ファイルを確認できるようなアプリケーションを整備する。(追記した)
月別: 2020年9月
基本的なGromacsの使い方を勉強してみる
Supramolecular Double Helices from Small C3-symmetrical Molecules Aggregated in Water, RPM Lafleur, S Herziger, SMC Schoenmakers… – Journal of the American …, 2020
memo (ダイナミクスで調べること 9/27)
Expansion and accelerated evolution of 9-exon odorant receptors in Polistes paper wasps (Hymenoptera: Vespidae), AW Legan, CM Jernigan, SE Miller, MF Fuchs… – bioRxiv, 2020
CentOS8上へのGroamcsなどをCondaでインストールしてみる
AmberToolsを配置してみる
Condaでambertoolsはインストールが実行できた。pdb4amberコマンドが返るところまで確認した
347 conda install -c conda-forge ambertools
348 pdb4amber -h # ambertoolsが配置されていることの確認
Groamcsを配置してみる
conda(plumed)でGromacsはインストールが実行できた。コマンドが返るところまで確認した。GROMACS:version 2018.6
365 conda install -c plumed/label/lugano -c conda-forge plumed
366 conda install -c plumed/label/lugano -c conda-forge gromacs
367 which gmx
369 gmx pdb2gmx -h
確認すること；Tutorial実行。pythonでのAmber利用がどの程度Wrapされているのかを確認する。別マシンへの再展開では、GPU、クラスタマシン対応の確認(Conda利用しない・Rootでのインストール方法の確認)
CentOS8上へのRDkitなどの環境整備
CentOS7上の環境を再現しておきたい
今回使用しているのはCPUのみの仮想マシン、OS=CentOS8、科学計算・機械学習向けのGPU,クラスタマシン用の特別なコンパイルなどはなし。Python環境はPyenvで個人の環境を構築したうえで、Anaconda で構築している。うまく構築できたところを抜粋。一般にCondaとPipの混在は推奨されない。トラブルに備えて念のため環境は複製。
322 pip install --upgrade pip
325 pip install python-wordpress-xmlrpc
326 conda install -c openbabel openbabel eigen
330 pip install markdown
334 pip install schedule
338 conda install -c conda-forge rdkit
341 conda create --name v200921 --clone root # Back-upの代わり
342 pyenv versions # 仮想感想が作成されたことの確認