ハイライト
- 11,326人のアイスランド人の嗅覚に関連する変異についてゲノムをスキャンしました
- TAAR5の変異体は、トリメチルアミンを含む魚の臭いの知覚に影響を与えます
- OR6C70およびその他の遺伝子座の変異体は、甘草およびシナモンの匂いに関連しています
- 標準的な嗅覚遺伝子の配列の多様性は、嗅覚の強化につながる可能性があります
月別: 2020年10月
Li, W., Wang, L., Zhou, F., Li, C., Ma, W., Chen, H., Wang, G., Pickett, J.A., Zhou, J.‐J. and Lin, Y., Overexpression of the homoterpene synthase gene, OsCYP92C21, increases emissions of volatiles mediating tritrophic interactions in rice., Plant Cell Environ (2020)
計算科学についてのメモ
そもそも計算科学とは？計算の種類、それがどのような種類があるのか・どのように発展してきたのか？特定の計算手法の専門家は自分の研究してきた手法を広く適用しようとしてしまいがち。計算化学について整理してみる。(勉強中)
HF, DFTについての勉強(1)
(昔作ったメモの復習)「第一原理計算」と呼ばれるものには、「ハートリー・フォック法」と密度汎関数理論(DFT)の二つのアプローチがある。
Thermodynamics and Kinetics of Drug-Target Binding by Molecular Simulation, S Decherchi, A Cavalli – Chemical Reviews, 2020
情報エントロピーとマルコフ情報源のメモ
情報エントロピーとマルコフ情報源についてみており、以下のオンラインPDFを見て、勉強になったように思うのでメモしてみる
情報理論（No.3）大原康博 ＊前半部分
講義「情報理論」第５回情報源のモデル（後半）情報理工学部門情報知識ネットワーク研究室 喜田拓也
きっかけ
前回まで考えていたこと
古典的な仕事での定義、MSM、DPDを横断的にGibbs自由エネルギー定義している文献はないかもしれない。なお、DPDでは複数の分子を一塊と考えて、動力学計算を行うため、一つ一つの分子を動かす動力学に比べて、長時間、広い空間(より多い分子)の動力学シュミレーションが可能である。
自由エネルギー定義
- (情報理論)シャノンのエントロピー
- (古典熱力学)仕事で定義されるエントロピー 実感のある定義の仕方
- (統計力学・たんぱく質)MSM理論。分子動力学を実行したうえで定義されるエントロピー
- (統計力学・バルク溶媒等)DPDベースの事実上のエントロピー定義は存在しないかもしれない。界面定義について未確認。Free energyが粗視化粒子を前提にしたもので、期待するGibbs自由エネルギーとは異なる可能性がある。(201003確認中)
MSMに役に立つかもしれない(情報理論)シャノンのエントロピー
ダイナミズムへの統計的アプローチを考える前提
- 無限に存在するコンフォメーションのバリエーション(=アンサンブル)
- 各バリエーションに対応するポテンシャル(=内部エネルギー、電子エネルギー)
- バリエーション間の遷移確率(速度論、逆数としての半減期)
(数理モデル)マルコフ過程 → MSMによる自由エネルギーの基本アイディア。溶媒のような凝集相へも「MSM的な解釈によるシャノンのエントロピーの定義が適用できる」かが気になる。情報理論におけるシャノンのエントロピーを確認してみる。
Olfactory genomics and biotechnology in insect control, AR Anderson, RD Newcomb – Insect Pheromone Biochemistry and Molecular Biology
Gamessをインストールしてみる(CPUのみの仮想マシン)
Gamessをインストールする前の環境(コンパイラー、科学計算向け数理パッケージ)構築
前提；仮想マシンのOSインストール時に選択したCentOS8のオプションにて 「サーバー」を選択したのでGnome環境なしだが「開発ツール」「科学的サポート」を選択したうえでインストールした。参考