月別: 2020年11月
ちょっと古いリアルGPUマシンにDockerを入れて動かしてみる
CentOS8をインストールしたマシンでNvidiaを使用できるコンテナを動かそうとしている。CentOSではPodman推奨らしいが、ドキュメントが少ない。Dockerを使用してみる。構築関連の記事はUbuntu+Dockerが多いのでこの構成にしておけばよかったかと、少し後悔している。Dockerは動作したが、GPUまでは使用できていない。これはGPUが古いので引っ張ってくるイメージが対応していない、Dockerファイルをきちんと書かなくては動作させられない、などが原因として考えられるが、未解決。ちゃんとDockerを勉強しなくてはいけない。
ケモインフォマティックスに関するメモ
化合物命名法、構造表記式についてのメモを作ってみた。
オートエンコーダに関するメモ
ニューラルネットワーク(多層パーセプトロン)は、機械学習の重要な産物である。シグモイド関数を活性化関数とするオートエンコーダー(砂時計型ニューラルネットワーク)はその初歩として、重要なアイディアである。そのメモを作ってみた。
Veronica Jové, Zhongyan Gong, Felix J.H. Hol, Zhilei Zhao, Trevor R. Sorrells, Thomas S. Carroll, Manu Prakash, Carolyn S. McBride, Leslie B. Vosshall, Sensory Discrimination of Blood and Floral Nectar by Aedes aegypti Mosquitoes, Neuron, 2020
Microbiota-gut-brain axis: enteroendocrine cells and the enteric nervous system form an interface between the microbiota and the central nervous system, A KUWAHARA, K MATSUDA, Y KUWAHARA… – Biomedical Research, 2020
概要
微生物叢-腸-脳軸は、腸と中枢神経系の間に双方向伝達が存在し、脳の感情的および認知的中心は末梢腸機能と結び付けられています。このコミュニケーションは、腸内分泌細胞によって産生されるさまざまな腸由来ペプチド/アミンが関与する局所、パラクリン、および内分泌メカニズムを介しています。腸管神経系などの神経系、および自律神経系を含む中枢神経系も、微生物叢-腸-脳軸を介して情報を伝達します。研究の最近より、正常な生理学への影響、病気に寄与する腸内細菌叢の重要性が明らかになりました。この双方向通信システムは理解され始めたばかりです。このレビューでは、腸内細菌叢と脳の間のインターフェイスとしての腸内分泌細胞と腸管神経系に関連するデータ、これらの相互作用の存在を示唆するデータをレビューします。