ここしばらく物理化学関連で考えた話は、匂いの統合理解に量子エネルギー計算や動力学計算が必要だと考えていたことからスタートしている
調べていたことのメモ
匂い分子の相同性に基づいた嗅覚受容体応答予測
受容体たんぱく質の相同性に基づいた予測への期待 → Navarroの博士論文を総説代わりとして現状の理解を整理する(キーロックモデル、剛体ドッキング、スタティックな分子軌道論(フロンティア軌道論から分子軌道計算DBまで))
たんぱく質のフレキシビリティを考慮したドッキングへの期待
考えていたことのメモ
MSMアンサンブルのクラスタリングと粗視化MDの理解の接続
シュミレーションの統合はすなわち自由エネルギーランドスケープの共通理解(？)
長時間MDを指向したレアイベント演繹導出ができない(かもしれない？確認中の)マルコフ状態アンサンブルの問題
調べてみたいこと
自由エネルギーの研究背景確認はDPDについて手薄なのでもう少し探したい。
CentOS8マシンづくり。旧来のCentOS7での研究環境を代替できるくらいセットアップした仮想マシンをとりあえず作成することが必要。
(ここまで)