計算ノードではなく手元マシンに、MDにおける入力ファイルや出力ファイルを確認できるようなアプリケーションを整備する。(追記した)
Avogadro
MDなどで用いられる構造ファイルのビューアー
参考DL
Marvin
構造式などのエディター
インストール途中Java(JDK)へのパスが必要になる → "C:\Program Files\jdk-15\bin\java.exe"
OpenJDK(Windows)
ダウンロード後、管理者権限での配置をする。展開を管理者権限で、Powershellから実行
PS C:\Windows\system32> Expand-Archive -Path C:\Users\localuser\Downloads\openjdk-15_windows-x64_bin.zip "C:\Program Files"
PS C:\Windows\system32>
パスを通す(環境変数への展開済みJavaディレクトリパスの登録)
(システムのプロパティ) > 詳細設定 > 環境変数(N)
(環境変数) > Administratorのユーザー環境変数 > 新規(N)
(ユーザー変数の編集) > 変数名(N):"JAVA_HOME", 変数値(V):"C:\Program Files\jdk-15"
VMD
「Visual molecular dynamicsは、分子モデリングならびに可視化コンピュータプログラムである*」。分子シュミレーション結果(Gromacsなど)を可視化したりする。
(ここまで)