Gamessをインストールしてみる(CPUのみの仮想マシン)

　

Gamess download

Eメールの登録が完了して初めてDL可能になる。登録完了するとメールが届く（届くまでに数日かかることがある）。 送られて来たメールの指示に従って GAMESS をダウンロード する。登録の方法は以下

  1. Gamessトップページ https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/　→　“GAMESS” > “Download”
  2. ダウンロードページを開く https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download.html　→　“obtaining GAMESS”
  3. ライセンス条項への同意 https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/License_Agreement.html　→　“I agree to the above terms”
  4. “GAMESS Registration System” https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/ での登録内容
  5. Email address : **@**.com

参考サイト1 “Linux版GAMESSインストールマニュアル - Winmostar”
参考サイト2 “GAMESS(US)の入手とインストール方法(Macへの導入を想定)”
参考サイト3 “QM/MM (GAMESS)”

Gamess downloadしたものを展開

(手元マシンWindows上で、ダウンロードサイトからgamess-current.tar.gzを入手した)、ダウンロードを完了したら、SCPなどでファイルを移動する。CentOS8上で展開する。今回は個人ディレクトリに展開する。

439 mkdir ~/gamess
441 mv ~/gamess-current.tar.gz ~/gamess/
442 cd ~/gamess/
444 tar -xzvf gamess-current.tar.gz
445 less gamess/machines/readme.unix

インストール実作業　(Openblas使用)

インストール実作業は以下の通り

  1. After the new window is open, please hit <return> to go on.　→　<Return>
  2. アーキテクチャーの選択、マシンがわからない場合は、uname -a コマンドにより調べる。　→　linux64
  3. (GAMESS directory? [/home/localuser/gamess/gamess] ) ダウンロードした GAMESS セットアップファイル群が存在している directory を指定する。　→　/home/localuser/gamess/gamess
  4. (GAMESS build directory? [/home/localuser/gamess/gamess]) GAMESS の実行環境を作成する directory を指定する。　→　/home/localuser/gamess/gamess
  5. (Version? [00]) GAMESS の実行バイナリモジュールのバージョン番号を指定する（任意でよい 。ここでは 00としている。 この場合、実行バイナリモジュールのファイル名は「 gamess .00.x 」 となる。(日付にした)　→　201001
  6. (Please enter your choice of FORTRAN:) FORTRAN コンパイラーを指定する。 ここでは無償利用が可能な gfortran を 指定する　→　gfortran
  7. (Please enter only the first decimal place, such as 4.9:) gfortran のバージョンを指定する。gfortran -v で確認できる（ gfortran の場合）。　→　8.3
  8. (hit <return> to continue to the math library setup.) 　→　<Return> 　→　openblas

math library setup.に関する参考；
数学ライブラリを指定する。※以下のバリエーションがサポートされている
MKL from Intel for 32 or 64 bit Linux (very fast)
ACML from AMD for 32 or 64 bit Linux (free)
LibFLAME from AMD for 64 bit Linux (free)
ATLAS from www.rpmfind.net for 32 or 64 bit Linux (free)
PGI BLAS from Portland Group for 32 or 64 bit Linux
ArmPL from ARM for 64 bit Linux

  1. (enter this full pathname:) Openblas のインストール ディレクトリを指定する(本体；/home/localuser/openblas/OpenBLAS/libopenblas.a)。　→　/home/localuser/openblas/OpenBLAS
  2. (please hit <return> to set up your network for Linux clusters.)　→　<Return>
  3. (communication library ('serial','sockets' or 'mpi' or 'mixed')?)　→　mpi 環境での並列実行を行わないので 、 sockets を設定する。　→　sockets
  4. (Optional: Build LibXC interface?) GAMESS-USは現在LibXCの実験的サポートを持っています。とりあえず動作する状況を目指しているので　参照　→　no
  5. (Optional: Build Michigan State University CCT3 & CCSD3A methods?) ベータ版コンパイルオプション：ミシガン州立大学のCCT3およびCCSD3Aメソッドを構築しますか？ とりあえず動作する状況を目指しているので　→　no
  6. (Do you want to try LIBCCHEM?) nVIDIA の GPU を 使用しない場合は LIBCCHEM を使わないため 　→　no

以下のコメントが帰ったことを確認した

Your configuration for GAMESS compilation is now in
     /home/localuser/gamess/gamess/install.info
Now, please follow the directions in
     /home/localuser/gamess/gamess/machines/readme.unix

インストール後作業　(Openblas使用)

インストール後の作業は以下の通り

  1. Distributed Data Interface (DDI) 環境の構築.ログファイル中の　DDI compilation ended successfully.　を確認。
    53  18:55   cd ddi/
    55  18:55   ./compddi > & compddi.log &
    58  18:56   less compddi.log
    59  18:57   mv ddikick.x ..
    60  18:57   cd ..
  1. コンパイルを 実行する。
    63  19:01   ./compall > & compall.log &
    66  19:55   ps -aux | grep ******
    67  19:58   less compall.log
  1. リンクを実施する
    68  19:59   ./lked gamess 201001 > & lked.log &
    71  20:00   less lked.log

実行が、The linking of GAMESS to binary gamess.201001.x was successful.が返ったことを確認　参考

  1. gamess/ 配下の rungms の内容 を 3 箇所 修正する

  2. .bashrc 追記

~/.bashrc に次の一行を追加する。　→　export PATH=$HOME/gamess:$PATH

6．Bashをもとに戻す

  500  chsh -l
  501  chsh -s /bin/bash
  504  source ~/.bash_profile

インストールはtshで実行していたので、元に戻して読み込みなおす。

  1. gamess/ 配下の rungms の内容 を 3 箇所 修正する
   73  20:42   vim rungms

Vimでの変更内容は以下の通り

set SCR=/scr/$USER
set USERSCR=/u1/$USER/scr
set GMSPATH=/u1/mike/gamess
↓
set SCR=$HOME/gamess/scr
set USERSCR=$HOME/gamess/scr
set GMSPATH=$HOME/gamess/gamess

(ここまで)