マルチコンフォメーションからのΔG見積を行いたい（非時間発展）
- 今のところの調べた結果 (200225)
- 注意をしなくてはいけない概念；自由エネルギー(ΔG)地形？エンタルピー地形(ΔH)？ ポテンシャルマップ？
QM(FMO) * 各コンフォメーション
↓
ポテンシャル(U)地形※
↓
エンタルピー(ΔH)地形※
※実際には計算対象が高次元過ぎて、計算困難なのでパス上を計算する
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MC/FEP、マルコフ状態モデル（MSM = Markov State Models ）
マルコフ遷移行列の取得が必要
↓
自由エネルギー(ΔG)地形？ = QMで真に得たいもの
↓
遷移パスウェイ
MSM
マルコフ遷移モデルとは？遷移確率行列とは？
自由エネルギーの定義をおさらい
Four quantities called "thermodynamic potentials" are useful in the chemical thermodynamics of reactions and non-cyclic processes. They are
- U(internal energy)
- H(enthalpy)
- F(Helmholtz free energy)
- G(Gibbs free energy)
| (potentials) | - | -TS |
|---|---|---|
| - | U(internal energy) | F(Helmholtz free energy) |
| +PV | H(enthalpy) | G(Gibbs free energy) |
http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbase/thermo/helmholtz.html