CentOS8上へのGroamcsなどをCondaでインストールしてみる



AmberToolsを配置してみる

Condaでambertoolsはインストールが実行できた。pdb4amberコマンドが返るところまで確認した

347 conda install -c conda-forge ambertools
348 pdb4amber -h # ambertoolsが配置されていることの確認

参考
参考

Groamcsを配置してみる

conda(plumed)でGromacsはインストールが実行できた。コマンドが返るところまで確認した。GROMACS:version 2018.6

365 conda install -c plumed/label/lugano -c conda-forge plumed
366 conda install -c plumed/label/lugano -c conda-forge gromacs
367 which gmx
369 gmx pdb2gmx -h

参考

確認すること；Tutorial実行。pythonでのAmber利用がどの程度Wrapされているのかを確認する。別マシンへの再展開では、GPU、クラスタマシン対応の確認(Conda利用しない・Rootでのインストール方法の確認)

そのほか　１

biocondaでのgromacsパッケージはコマンドが通るところまではいかなかった。(本体はビルドできているのかもしれないが、コマンドが通らない原因は深堀していない)

358 conda install -c bioconda gromacs
360 gmx help # 実行はできず
361 gmx pdb2gmx -h # 実行はできず
364 which gmx # 実行はできず

参考

(ここまで)