CentOS7上の環境を再現しておきたい
今回使用しているのはCPUのみの仮想マシン、OS=CentOS8、科学計算・機械学習向けのGPU,クラスタマシン用の特別なコンパイルなどはなし。Python環境はPyenvで個人の環境を構築したうえで、Anaconda で構築している。うまく構築できたところを抜粋。一般にCondaとPipの混在は推奨されない。トラブルに備えて念のため環境は複製。
322 pip install --upgrade pip
325 pip install python-wordpress-xmlrpc
326 conda install -c openbabel openbabel eigen
330 pip install markdown
334 pip install schedule
338 conda install -c conda-forge rdkit
341 conda create --name v200921 --clone root # Back-upの代わり
342 pyenv versions # 仮想感想が作成されたことの確認
そのほか １
Anaconda などCondaツールを使った環境の複製。Condaで仮想環境(Env)を作成していなくてもYamlの作成は可能。CentOS7上で構築済みの環境があったので複製できるか試してみた → 中止
[User@localhost ~]$ conda env export -n root> env_root.yml
※Root名義で作成したものを複製すると、パス既存の場合怒られる。内部1行目を"name: Root"→"name: v200919"と変更する。念のためファイル名も重複しないよう変更する
```
[User@localhost ~]$ conda env create -f env_root.yml
CondaValueError: prefix already exists: /home/User/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1
[User@localhost ~]$ conda env create -f env_root.200919.yml
Solving environment: \ [User@localhost ~]$
```
再構築できていない
参考
https://qiita.com/junkor-1011/items/cd7c0e626aedc335011d
そのほか ２
Openbabel, pybelのインストールは以下で。「公式チャンネルから「eigen」を一緒にインストールすることでpybelも使えるようになります． conda install -c openbabel openbabel eigen. ...」
conda install -c openbabel openbabel eigen
参考
https://future-chem.com/open-babel-usage/
(ここまで)