Abstract
タンパク質構造予測アルゴリズムとメトロポリスモンテカルロ法を組み合わせて、全原子エネルギーのランドスケープを探索する新しい方法を提供します。 この手法の中核は、かきまぜられた局所摂動と、側鎖の挙動のサンプリングおよび最小化サイクルに基づいています。 アルゴリズムとそのリガンド包摂挙動への応用をここに示します。 リガンド出口経路は、さまざまなサイズのリガンドを含むさまざまなシステムで正常にモデル化されました（ミオグロビン～一酸化炭素、チトクロームP450cam～カンファー、腸内の脂肪酸結合タンパク質～パルミチン酸）。 これらの最初のアプリケーションは、ミリ秒単位の時間スケールのプロセスのマッピングにおいて、本手法の可能性を明らかにしています。 探索に関連する計算コストは、従来のMDシミュレーションよりも大幅に少なくなります。
Memo
本文未確認
doi: 10.1021/ct0501811
「タンパク質エネルギー景観探査（PELE）メソッドは、単純な動きをより高速で試行するほとんどのMCメソッドとは対照的に、複雑な動きを慎重に作成して許容確率を高めることで効率的なサンプリングが得られるという考えに基づくMCメソッドです。 PELEの移動またはステップは、摂動フェーズと緩和フェーズに分かれています。」*