Construction and analysis of the protein–protein interaction network for the olfactory system of the silkworm Bombyx mori, S Xin, W Zhang – Archives of Insect Biochemistry and Physiology

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概要

本研究の目的は、単一の嗅覚関連遺伝子またはタンパク質に焦点を当てるというよりは、タンパク質間相互作用(PPI)の解釈により、カイコの嗅覚系における重要なタンパク質を探索すること。

遺伝子オントロジー(GO)、遺伝子とゲノムのDB(KEGG)をもとに、585種の嗅覚関連タンパク質を選択、カイコの嗅覚系のためのCytoscapeを使用してタンパク質間相互作用(PPI)を分析しました。

ネットワーク分析により、GSTz1、LOC733095、BGIBMGA002169-TA、BGIBMGA010939-TA、GSTs2、GSTd2、Or-2、BGIBMGA013255-TAなどのいくつかの主要なタンパク質が同定されました。 タンパク質を総合的に評価したところ、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST)が最高のランキングでした。

Memo

本文有償(本文中を見ないと発現データなどの詳細は分からない)

グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST);代謝に関わる酵素の一種で、有毒化合物の身体への毒性を弱める。 *

Cytoscapeによるネットワーク分析
「Cytoscapeは代謝経路網の可視化や遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームである。 プラグインにより機能が追加でき、ネットワークや分子プロファイリング分析、レイアウトの変更、新規ファイル形式のサポートや外部ネットワークへの検索が利用可能になる。」*

例1

Cytoscapeによるネットワーク分析自体は汎用?
例2

嗅覚の種を超えた保存性が気になるところ
嗅覚関連PPIの種を超えた保存性も気になるところ

(ここまで)